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Este trozo de circuito es compatiple EMC no emite señales EMI. el resto de la pcb no lo se.
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La NTC no te puede generar una sobretensión, esta solo puede venir de la fuente de alimentacion y se supone que ya es fiable, si no lo es es alli donde deberias hacer halgo. No obtante la R de 15 K ya te esta protegiendo la entrada hasta unos 500v, se destruiria la pcb por otro sitio. Esa R de 15 k te proteje ya hasta de un cortocircuito en el conector.
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las NTC no tienen polaridad es un problema irrelevante.
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Interferencias EMI si te podrian surgir sobre todo si usas un cable largo y que pase cerca de fuentes generadoras de EMC. Se pueden eliminar relativamente facil, usando cable apantallado , pares trenzados , algun condensador entre los puntos 1 y 2 del conector, (deja un par de pad en la PCB por si tienes que colocarlo), algun filtro comercial.. etc. todo esto mediante harware, mediante software una buena idea seria no hacer una solo medicion mas bien hacer una media de varias mediciones esparcidas en cierto tiempo.
No se me ocurre nada mas, ya que te funciona bien solo cabe esperar un problema inesperado y solucionarlo, aunque si ya funciona no creo que surja.
Todos esos montajes que propones a base de diodos , para una NTC no veo que puedan hacer nada y me parecen innecesarios.
Saludos.