La verdad es que yo con Mac no tengo experiencia alguna. Siempre ha sido desde PC o compatible
Hasta el punto que yo se, el Bootloader se puede reprogramar desde un Atmega que ya lo tenga hasta otro atmega en una Protoboart
Eso si, siempre el mismo modelo de Atmega evidentemente.
Yo he programado Microcontroladores PIC y no hay dificultad alguna en ello, ya que implementan la comunicacion de datos desde el puerto serie RS232, tan solo se envian los datos desde tres pines hacia el Microcoontrolador poniendo en estado bajo el pin de MCRS
Por lo que yo se del Atmega, se ha de modificar un par de lineas del codigo del Bootloader ants de su grabacion en el Atmega no programado, luego de esto realizar la grabacion, y por ultimo reprogramar las lineas modificas en el master