Proyecto Arduino Mega 2560 como controladora industrial

Estas seleccionado mal el Microprocesador. El Aurdino Uno usa el Atmega 328-PU
Y es posible que en programador tenga seleccionado por defecto el Atmega 328-P
Verifica este punto que es muy sutil pero produce muchos dolores de cabeza
A tu segunda pregunta, todos los Integrados Multiplexores disponen de un pi n ENABLET
, pero ten en cuenta que esta señal que se activa a nivel bajo afecta a todas sus entradas o salidas, es decir, las inhibe en grupo no de forma individual.
Es decir. La señal de interrupción afecta al chip Multipelxor, tendrás por lo tanto que implementar por Software que esta señal también sea reconocida en el ciclo de programa
Se me ocurre que tendrás que implementar una entrada directa de interrupción hacia un pin libre del Atmega, o en su caso, implementar a circuitería lógica cableada lo cual complica bastante el tema a mi entender. Un saludo