Podías aclarar lo que son los "tubos MIDI", la verdad que tenía curiosidad.
Si al desconectar Aref obtienes valores cero, ¿qué estabas obteniendo con Aref conectado? Si te daba algo podría ser cuestión de que necesita más ganancia la etapa.
Si en verdad no te recibe nada en la entrada de Arduino el fallo claramente tiene que estar en le electrónica. ¿Qué alimentaciones has puesto? Me refiero a Arduino, al sensor y al resto de la electrónica. ¿Tienen todos la misma? ¿Son distintas? En ese caso, ¿tienes unidas las masas?
Con eso repasaré el esquema y las características del sensor.