Solucionado. Hay que quitar la shield con el modulo y ponerlo aparte y coger los pines de la shield (que son el 0 y 1) y ponerlos en otros pines digitales del arduino.
Os dejo el codigo con el que e hecho que mi arduino se conecte a un servidor (en este caso a un servidor local)
Los pines 0 y 1 de la shield estan conectados al 11 y 12 respectivamente, si modificais las posiciones solo teneis que cambiar el
"SoftwareSerial wifiSerial(11,12);" a las entradas correspondientes