Vielen lieben Dank für die Tipps. Inzwischen haben wir's hinbekommen. Der PC und der Arduino kommunizieren ja sowieso (Arduino quasi als Slave). Wir lassen den Arduino jetzt in der Loop einfach prüfen, ob in den letzten x mS Kommunikation stattgefunden hat. Ist das nicht der Fall beginnt er selbstständig zu arbeiten. Das scheint ganz gut zu funktionieren.