il suffit d'inverser le bit 6 de TCCR1B (edge_select) dès l'entrée de l'ISR pour détecter le prochain front inverse (méthode efficace trouvée dans une AN chez atmel). Avec cette inversion en plus, on sait dans l'ISR quel front on vient de détecter, ce qui permet de mettre à jour la bonne variable.
http://www.atmel.com/images/doc8014.pdf un algo simple se trouve en page 4. c'est en engliche ofkorse, mais tout y est dit.