Il faut utiliser la pin ICP1 (pin 8) associée au timer 1. ce sera déjà bien plus précis (tu auras le "temps" exact du passage de la pulse sur 16 bits). Si possible, éviter les attachInterrupt() qui ont le défaut de prendre pas mal de temps dans le traitement des interruptions. Il vaut mieux déclarer une ISR(), mais ça risque de rentrer dans le hard...
Pour les parasites, tout dépend de l'environnement... un peu plus de précision sur l'ensemble du système?