Pulsos aleatorios, sin estar conectado, en pin 5 sobre TCNT1 (hardware counter)

Este codigo (simplificado) es el que uso para hacer un odometro digital sobre arduino uno R3

int operar   = 0;
int primera = 1;
int count     = 0;

void setup()
{
Serial.begin(9600);
pinMode(ledPin,OUTPUT);
// hardware counter setup
pinMode(5,HIGH);
TCCR1A=0; // reset del timer/counter control register A
// Comenzar a contar
TCNT1 = 0;                     // reset del contador por hardware
 bitSet(TCCR1B ,CS12); //  la fuente de pulsos para el clock es externa
 bitSet(TCCR1B ,CS11); // Clock set en rising edge
}
void loop()
{
   if (operar == 1)
   {
        // parar de contar
       TCCR1B = 0;
       count = TCNT1;
       TCNT1 = 0;                        // reset del contador del  hardware
        // Comenzar a contar
       bitSet(TCCR1B ,CS12);   //  la fuente de pulsos para el clock es externa
       bitSet(TCCR1B ,CS11);   // Clock set en rising edge
   }
    else 
   {
        operar = 1;
   }
if(count > 0)
   Serial.println(count);
}

El problema radica en el hecho que, aun estando desconectado, se leen pulsos aleatorios en el registro TCNT1;

Soluciones propuestas que no han funcionado (sigue leyendo pulsos aleatorios) :

1 - set por soft "INPUT_PULLUP" 2 - set del "filtro de ruidos" del registro ICNC1: Input Capture Noise Canceller (Bit 7 of register TCCR1B)

Cualquier sugerencia seria bienvenida.

Saludos.

Tal vez deberías publicar un esquema de su circuito y un enlace para su sensor. El software no siempre es el mejor método de acondicionamiento de señales. Realmente no se ha presentado información suficiente para que cualquiera pueda solucionar el problema a menos que esté convencido de que es 100% software problema causado.