Vas a tener que hacer los cálculos de los valores que tenés que poner en los registros del timer en base al valor leído del potenciómetro.
Una muy buena fuente de consulta para no romperse la cabeza con la hoja de datos del micro: Timers and counters
Pero tienes disponible una librería (TimerOne) que creo que te va a facilitar muchísimo la vida, si no me equivoco la encuentras en el administrador de librerías de la IDE.
Saludos