Hast Du Uwes Beispiel in Dein bestehendes Programm eingebaut oder als neues Programm geladen ?
Ich vermute daß der Timer am Pin3, der ja für die PWM-Erzeugung mit analogWrite gebraucht wird, bereits anderweitig verwendet wird, z.B. von IRremote - da müsstest mal nachschauen. Das erklärt dann auch, warum es an einem anderen PWM-Pin funktioniert.
Oder Du machst einfach aus Deiner setup()-Routine ein neues Programm ohne die libs. Dann sollte es auch an Pin3 funktionieren.
Gruß, mmi.