Mettiamo le cose in chiaro... spesso come ha detto bigjohnson conviene utilizzare una pagina web su arduino e creare un'interfaccia mobile per android o in generale per uno smarphone con un browser.
E' un'ottima soluzione nel caso in cui si devono inviare comandi da android ad arduino e/o monitorare ad esempio i dati ricevuti da dei sensori.
Per sfruttare però a pieno le potenzialità di uno smartphone android bisogna programmare nel suo linguaggio nativo, cioè java (con l'sdk android).
Per farti un esempio potresti voler utilizzare l'accelerometro per regolare la posizione di un servo o la velocità di un motore DC, oppure potresti fare in modo che quando un sensore su Arduino rileva una determinata condizione (di luce, di temperatura, ecc...) lo smartphone invia un sms, o avvia una registrazione o chi più ne ha più ne metta...
In tutto questo c'è processing che è un buon compromesso tra i due perchè è più potente della web app ed è più intuitivo e versatile dell'app android.
Devi capire cosa vuoi/vorrai fare per decidere quale delle 3 strade prendere