Bonjour,
Dans un premier temps félicitation pour ce superbe projet. L’esthétique est très soignée.
Pour économiser ton accu, voila quelques conseils :
Un lien vers la librairie power, qui permet de désactiver des étages du microcontrôleur pour quelques mA de consso en moins.
http://www.nongnu.org/avr-libc/user-manual/group__avr__power.html
Un lien vers la lib sleep et WDT :
http://www.nongnu.org/avr-libc/user-manual/group__avr__watchdog.html
http://www.nongnu.org/avr-libc/user-manual/group__avr__sleep.html
Ce sont les lib du micro, tu peux en trouver d'autres sur internet toute faite et prête à l'emploi. Celle la agisse dans un niveau plus bas.
Ce que je te conseil ( et je l'ai testé en pratique), c'est d'éteindre tout ce qui ne te sert à rien le maximum de tps et de ne l'activer qu'en cas d'utilisation prolongé.
Ensuite, si j'ai bien compris, tu souhaites envoyé de la data à intervalle régulier.
Rien de bien compliqué. Tu peux donc utiliser un timer avec la fonction sleep qui va bien pour réveiller ton micro à intervalle régulier. En comptant le nbr de réveil en fonction des réglages du timer, tu pourras envoyé tes données toutes les 5s (ex).
ça devrait te faire gagner quelques heures.
Mais ce ne sera pas encore assez j’imagine.
Quand je vois mes capteurs koubachi qui sont à 98% de batterie aprés ... heu ... 1 ans et demie voir 2 ans d'utilisation.
A mon avis c'est pas un accu de 9V type commerce.
Mais il y a encore une autre solution. Utiliser une carte en 3V3.
Mettre un petit panneau solaire, voir utilisé l'acidité du sol .... enfin bref 
En espérant t'aider
Bon courage
Edit : d'aprés ce site, mettre les entrées en "INPUT" réduirait aussi la consso général ! (reste à voir si par défaut ce n'est pas déjà le cas)