REINIZIALIZZARE PORTA SERIALE COME SERIAL MONITOR

Ciao a tutti,
premetto che il topic è più di sviluppo sw che di Arduino in se ma le due cose sono strettamente legate.
Attualmente sto lavorando con un Arduino Mega con il suo sketch che legge dai sensori, decide se c'è qualche azione da intraprendere e comunica via seriale ad un PC tutto ciò che mi interessa.
A volte (per causa ancora ignote) la comunicazione seriale salta, Arduino non va in blocco, continua normalmente a eseguire lo sketch ma mi ritrovo a dover chiudere il mio applicativo che registra i dati, aprire l'IDE di Arduino e aprire quindi il Serial Monitor. A questo punto Arduino si riavvia, riparte la seriale e il mio programma legge...

Qualche idea se c'è un comando da riga di comando per eseguire ciò senza aprire l'IDE?

Grazie in anticipo