Falsa alarma, solo tuve que eliminar el serial.begin y el while para que no esperase que se activase el monitor serial para que funcione.
De momento me esta funcionando con una alimentación de una batería de litio y mientras que la conecte cargada no da problemas, cuando la batería le queda poca energía y no puede alimentar de forma correcta el arduino micro deja de funcionar correctamente.