Resettare Fuses su Atmega2560

Avendo "solo" cambiato il fuse basso hai cambiato il tipo di generatore di clock che l'Atmega si aspetta di trovare sui pin XTAL1 e XTAL2.

Adesso si aspetta un oscillatore mentre tu hai un risuonatore. E' un problema. Bisogna operare di High-Voltage per resettare i fuse. Ma ti serve un programmatore esterno, forse con il tuo MKII puoi farlo, non lo conosco bene. Assicurati che sia capace di mandare un segnale a 12V sul pin di reset. E di tagliare la pista RES-EN come ha detto Uwe.

EDIT:
oppure, visto che hai giĆ  dissaldato il risuonatore originale, togli quel quarzo che hai montato e procurati un oscillatore di qualunque valore e usa quello per riattivare il micro, poi riprogramma il giusto fuse.