La programmazione tramite HV è quasi impossibile da applicare con il micro montato sul circuito, oltre alla questione 12V è necessario collegare molti pin, toccherebbe dissaldare il micro metterlo sull'apposito zoccolo per smd (solo lui costa più 60 Euro) e poi risaldarlo sulla scheda, alla fine costa meno una MEGA2560 nuova o più semplicemente sostituire il solo 2560 se si è in grado di farlo.
Però in questo caso il problema è sicuramente nelle capacità di carico visto che ha settato il clock come full swing, che è sempre un modo per quarzo o risonatore con la differenza che l'opamp interno lavora in modo rail to rail, prova a rimontare il risonatore originale e quasi sicuramente Arduino ti riparte.