Con un programmatore HV riesci a resettare i fuse anche a ATmega bloccati.
Ci sono circuiti per gli ATmega DIL che viene messo su un zoccolo Arduino-based AVR High Voltage Programmer | MightyOhm , oppure il progetto di Michele Menniti: http://arduino.cc/forum/index.php/topic,104478.0.html
Non so come fare se é un ATmega2560 daldato sul Arduino MEGA.
La programmazione HV consiste nel dare 12V sul pin reset con una tempistica ben precisa e usare gli altri pin come interfaccia paralella.
Come detto non lo ho mai visto fare sul ATmega1280 o 2560.
Ciao Uwe