Jamais eu ce problème mais j'utilise Ubuntu.
Dans ton home il y a un répertoire caché .arduino.
Dans ce répertoire il y a le fichier preferences.txt.
Tu peux l'éditer à la main, il y des paramètres comme la taille de la fenêtre min, max, par défaut, sa position.
Peut être cela pourra-t-il régler ton problème.
Autrement il faudrait regarder du coté de la machine Java que tu utilises. Peut-être y a-t-il une incompatibilité.