bienvenue dans le monde du C.
Effectivement, changer une ligne en C, consiste à réécrire tout le fichier, avec la ligne modifiée, ou, sans cette ligne si on veut la supprimer.
Sur le serveur, il n'y aura aucun problème à identifier les données, puisqu'elles restent dans le même ordre pour chaque ligne. Ca sous entend évidement, que si une valeur d'une ligne devait être omise, il doit quand même apparaître une valeur vide dans le CSV, soit 2 virgules qui se suivent. Si non, il y aura un décalage lors de la lecture.