Bonjour,
Je débute aussi avec l'Arduino et je me suis posé la même question (je jongle avec différents montages branché sur mon Adruino).
Tant qu'une pin ne risque pas d'être reliée à la masse alors qu'elle est configurée en OUT avec un niveau HAUT il ne devrais pas y avoir de problème (j'ignore si l'ATMega est protégé des court-circuits).
En fait le moyen le plus sûr je pense c'est de faire un petit sketch qui ne fait rien et de l'uploader avant de changer de montage.
Quand je bricole le câblage du montage en cours de construction je débranche le câble USB.