Merci de vos réponses !
Alors la solution que j'ai trouver est la suivante :
1/ je met l'arduino hors tension
2/ je décâble tout
3/ je rebranche l'arduino et upload mon nouveau Sketch
4/ je met l'arduino hors tension
5/ je câble le nouveau projet
6/ je rebranche l'arduino et hop ça marche !
Un peut lourd mais au moins pas de risque d'endommager la petite bête 
Sinon merci pour l'idée du petit morceau de code qui bloque le programme.
griller son FGPA à 1000€ c'est différent
Oui, mais j'en suis loin, pour le moment je m'amuse juste avec quelques LEDs et interrupteurs XD