En mode oscillateur Interne, l'ATmega tourne à 8MHz alors que sur une UNO il tourne à 16MHz
Donc si tu n'as pas compilé ton sketch pour un 168@8MHz, tous les timings seront faux.
Malgré tout, le DTH11 utilise l'ADC internet du ATmega donc je ne vois pas ce qui pourrait clocher de ce coté.
D'ou vient le message de timeout ? C'est ton sketch qui l'envoie ?
Peux tu être plus précis sur l'environnement "qui marche". Que comprend t'il ?
Ensuite qu'as tu fait pour passer sur l'ATmega168 ?