Niente da fare 
Risolto il problema del reset, grazie alla dritta di Ettore, usando un cavo convertitore, ma il comando if(Serial) proprio non ne vuole sapere.
Con il codice di leo, quanto di più elementare possa esserci, il led si accende passati due secondi da quando alimento le schede, sia la UNO che la MEGA (tramite jack) senza nessun cavo inserito.
Non so che altro fare =(