Oltre il nostro dubbio di come alimenti l' arduino con i 5V esterni é normale che traffico sulla seriale HW collegato a un circuito esterno non fa illuminare i LED RX TX. Questi LED non sono collegati ai pin della seriale TTl ma pilotati dal ATmega18U2 http://arduino.cc/en/uploads/Main/Arduino_Uno_Rev3-schematic.pdf
Potrebbe illuminare solo uno dei due (RX)
Ciao Uwe