Quando collego il reset, devo collegarlo direttamente sullo zoccolo del processore che ho smontato sul duemilanove oppure va bene anche il pin sul bordo dell'arduino (quello utilizzabile anche con chip montato)?
che io sappia il reset non ha un pin, ma nel caso lo abbia allora sì, va bene.
Ho visto che ci sono 2 pin TX e 2 pin RX (una coppia disposta sul lato lungo dell'arduino mini e l'altra sul lato corto (di fianco ai pin di alimentazione)... posso usarle indifferentemente gli uni e gli altri?
dipende. Se dallo schema elettrico vedi che sono gli stessi pin portati agli stessi PIN dell'atmega (pin 0 e 1) allora è indifferente, altrimenti devi collegarti ai pin 0 e 1.
Ed infine, l'alimentazione dell'arduino mini e' presa dalla 5V dell'arduino duemilanove... ma non dovrebbe essere come minimo 7v?
no, 7 volt è il valore necessario al regolatore di tensione (pin 9V). Tu lo alimenti direttamente (pin 5V), i micro possono essere alimenti direttamente a 5V o a 3.3V, ma il clock a 16MHz è supportato solo a 5v
edit: preceduto da leo, posto lo stesso