Mi sa' che sei stato un po' sfortunato nella scelta delle shield
- una SD ha bisogno obbligatoriamente di
D13 - SCK
D12 - MISO
D11 - MOSI
piu' un'altro pin a scelta per il CS
Quindi la tua motor shield va' in conflitto
Potresti usare una board L298 ( non una shield che va' montata sopra Arduino) , in modo da poterla collegare come vuoi.
Ad esempio questa http://www.ebay.it/itm/L298N-DC-Stepper-Motor-Dual-H-Bridge-Drive-Controller-Board-Module-for-Arduino-/191148281194?pt=UK_BOI_Industrial_Automation_Control_ET&hash=item2c81534d6a
Ora ti servono 4 pin ( come dice Guglielmo ci sono anche gli Analogici che possono essere usati come digitali ), ma il problema e' che due devono essere PWM e solo uno ( il D3 ) e' rimasto libero, gli altri se li frega la shield LCD e visto che pure questa non ha i pin configurabili, dovresti cambiarla con un LCD I2C