tecno:
Quando vado a compilarlo con AVRstudio 5.1 ...
Per compilare sketch per Arduino con AvrStudio ci sono apposite guide. (http://www.engblaze.com/tutorial-using-avr-studio-5-with-arduino-projects/)
Devi istruire il programma riguardo le directory dove sono presenti le librerie e il core di Arduino e qualche costante.
Se sei alle prime armi usa l'IDE di Arduino. E' più semplice.