Possono essere molti i motivi.
Cominciamo dal primo: hai per caso provato a collegare un LED esterno senza il resistore di limitazione della corrente?
Non è che hai provato a "giocare" con il Watchdog?
Prova questa manovra:
- spegni il MEGA e togli il cavo USB
- riaccendi il MEGA ed inserisci il cavo USB
- attendi il beep del PC per l'avvenuto collegamento del cavo USB
- fai partire l'IDE e controlla che la porta seriale virtuale sia presente e che sia selezionata la MEGA R3
- carica lo sketch blink
- fai l'upload e, poco prima che termini la compilazione, premi il reset sulla MEGA e tienilo premuto per due secondi
Quest'ultimo passo devi ripeterlo più volte perchè è difficile farcela al primo tentativo.