Ho "risolto" il problema con il mio AtMega2560 collegandolo quando fa l'accesso a Windows, in particolare a richiesta password di rete.
Non so dirvi come mai questo bug, tra le varie prove ho semlicemente notato che se collego l'HW in quel momento posso uppare senza problemi. Con l'unica pecca che non posso staccarlo, quindi devo fare i collegamenti tenedolo in tensione.
Grazie a tutti quelli che hanno provato ad aiutarmi.
*Lele