No perché devi multiplexare il cubo per livello, altrimenti dando corrente al 1° led, in realtà accendersi il 1° led di ogni livello.
Le resistenze limitano la corrente per i singoli led, ma poi TUTTA la corrente di un livello deve uscire da qualche parte. Il caso peggiore è appunto l'accensione di tutti i led di un livello. Tutta la corrente, anche se limitata dal fatto che stai multiplexando il cubo, quindi accendendo i led per brevi periodi, confluisce in un un'unica uscita. Quell'uscita può ricevere una corrente superiore a quella assorbibile da un pin. Ecco perché mettono i transistor.