Le masse devono essere sempre in comune altrimenti i riferimenti delle tensioni non sono allo stesso "zero" ma ogni apparecchio ha riferimenti alla propria massa.
Il PC non si brucia, al massimo puoi bruciare il regolatore presente sulla porta USB se inverti i collegamenti e fa un corto Vcc/Gnd.
Considera che quando hai l'Arduino collegato tramite cavo USB e colleghi un altro apparecchio ai pin Gnd metti in comune la massa dell'apparecchio con la massa del PC 