Quizás lo primero es poner una ferrita cerca de la entrada del AVR como las que tienen muchos dispositivos USB. Lo que estás experimentando es ruido inducido y en tu red eléctrica. También puedes poner una ferrita en la alimentación del AVR.
Esto debería mitigar el problema.
Qué longitud tiene el cable que contecta el AVR a la caja empotrada?
Con las entradas que no se usan, cuando arranca el AVR están como entradas con un pull-up (creo recordar).
Un pequeño croquis para hacernos una idea de la instalación estaría bien.