@ADLC - recuerdas bien, recuerdas bien. Tu memoria es mejor que la mía ;-). Cuando reseteas el micro, todas las entradas salidas, están configuradas en alta impedancia. Creo que internamente el arranque del AVR de Arduino no hace ningún tipo de configuración de pines. Con lo que todas los pines estarían en tri-estado.
Poner un filtro RC en la entrada te va a crear un divisor de tensión un poco feo con el pull-up o pull-down, pero con los valores adecuados de R debería funcionar bien. Los que te suguiere ADLC están bien y van a funcionar.
Sigo pensando que poner un choke te va a filtrar las coponentes de alta frecuencia generadas al conmutar la carga inducitiva del fluorescente. Es más, poniendo tu cable alrededor de un toroide debería eliminar toda componente de alta frecuencia. Bueno, así resolví el problema de mi equipo de música, que petardeaba cada vez que encendía unos fluorescentes (todo por que los cables de alimentación iban muy próximos al cable de señal y necesitaba que fuesen próximos en mi instalación).
¿Qué longitud de cable tienes? Porque si es muy largo lo que has conseguido es hacer una antena muy buena y seguramente tengas que bajar la impedancia de la linea. Si cualquiera de los dos métodos anteriores no funciona...