Die mikrocontrollerinterne Zuweisung der I/Os zu Pins und Ports ist ganz anders als beim Arduino, wo sämtliche I/Os aufsteigend nummeriert ssind. Dieses "Umbiegen" auf laufende Nummern wird innerhalb der entsprechenden Core-dateien für jeden Mikrocontroller gemacht, der in der Arduino-IDE als Arduino, Freeduino, Sanguino etc. programmiert werden soll. Von daher wundert es mich nicht, dass hier trotz Pinkompatibilität unterschiedliche Pinnummern vergeben worden sind.
Für den Fall das sich mal jemand einen Sanguino mit einem Atmega324 bauen will, unter Benutzung des Platino Bootloaders, hier die Unterschiede in der Pinbelegung:
