Der Tipp steht doch schon drin: sinnvolle Indexe.
Dazu muss man die Datenstrukturen und die Abfragen genau kennen. Dazu kenne ich Euer System zu wenig.
Wenn Du einen guten Datenbänker hast, kann der das, ansonsten hast Du Pech.
Ich habe das immer selbst gemacht und meine (wirklich guten) Datenbänker gegenchecken lassen.
Gruß Tommy