Ja, das ist in den Beispielen auch so dargestellt. Da geht es um eine einfache Bewegung, Ihr wollt aber eine Maschine bauen, das ist eine andere Liga!
Blockade heißt, mit geschlossenen Augen Auto - oder was auch immer - fahren. Das willst Du nicht, auch nicht mit einer Maschine. Beispielsweise kann der µC derweil keine Tastendrücke erkennen, also auch nicht den Druck auf die Stoptaste, den Bereichssensor und dergleichen.
Das Beispiel Bounce.pde kommt einer Fahrt mit geöffneten Augen nahe, weil man da in loop() noch Tasten und Sensoren abfragen könnte.
Weiß ich auch nicht, da ich Eure Anwendung nicht kenne, aber eine Alternative wären die MobaTools, weil die Bewegungen da per Interrupt abgearbeitet werden. Da gibt es das Beispiel Stepper_Slider.ino, an dem ich mitgewirkt habe.
Die grundsätzlichen Anforderungen an die Programmierung sind aber vergleichbar.