Se puede contar días con un DS3231 RTC?

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Se puede contar días con un DS3231 (ZS-042) RTC? vi que trabaja como reloj, pero puedo contar por ejemplo 45 dias? 110 dias?

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Porque no dices que tiene un DS3231 en lugar del nombre del módulo que solo conoce el fabricante?
Claro que puedes usar un RTC DS3231 para contar dias.

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Perfecto, entonces tendria:

1.- Setear una fecha. Ejemplo: 01/02/2017
2.- Restarle a esa fecha. Ejemplo: 18/03/2017 y así obtener los dias transcurridos 45 días.
3.- Pasarlo a una variable y compararlo con otra que sea 45 y en dicho caso cambie de estado.

Puedo guardar varias fechas en el DS3231 RTC? estoy usando la libreria RTClib.h

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Pero esas son operaciones al margen de tener o no un RTC.
El RTC te mantiene una hora pase lo que pase con el arduino, este o no energizado.
Lo que tu hablas es de calcular un tiempo transcurrido respecto de una fecha de inicio y compararla con la actual y cuando se cumpla hacer algo.

Eso no requiere mayor problema. No sabes cómo hacerlo?

Yo uso la librería Time.h

Acá tienes un ejemplo

#include <Time.h>
time_t  T0, T1 ;         // Contenedores de fechas

void setup()
   {    Serial.begin(115200);  }

void loop()    {    
        // 01/02/2017
        T0 = SetFecha(2017,  2,   1,  12,  0,  0);  //01/02/2017 12:00:00
        printFecha(T0) ;
        T1 = SetFecha(2017,  3,  18, 12,  0,  0);  // 18/03/2017 12:00:00
        printFecha(T1) ;
        printFecha(T1 - T0);

        Serial.println("--------------------------------------------------");
        time_t H =  T1 - T0 ;

        Serial.print(String(year(H )- 1970)+" años,"  + String(month(H)-1 )+" meses,");
        Serial.println(String(day(H))+ " dias," + String(hour(H))+ " horas");
        Serial.println("---------------------------------------------------");
   }

void printFecha(time_t  t)
   {
       Serial.print(day(t)) ;    Serial.print(+ "/") ;   Serial.print(month(t));   Serial.print(+ "/") ;
       Serial.print(year(t));    Serial.print( " ") ;
       Serial.print(hour(t));   Serial.print(+ ":") ;   Serial.print(minute(t));   Serial.print(":") ;
       Serial.println(second(t));
       delay(1000);
   }

time_t SetFecha(int y, int m, int d, int h, int mi, int s  )
   {  tmElements_t Fecha ;
      Fecha.Second = s;
      Fecha.Minute = mi;
      Fecha.Hour = h;
      Fecha.Day = d ;
      Fecha.Month = m ;
      Fecha.Year = y -1970 ;
 
      return makeTime(Fecha);
   }