Beh, premetto che non ho esperienza al riguardo, ma dalla descrizione nel tuo link sembra che abbiano pensato a come ripristinare il bootloader del 16U2 in caso di dover programmare l'arduino, fattibile e anche abbastanza semplice a giudicare dalla descrizione) ma pensa a questo, considera che quando facciamo il programma (lo sketch nell' IDE) capita spesso di dover scaricare il file in Arduino per verificare se tutto procede, immagina di dover fare sta trafila ogni volta:
1-metti in reset il 16U2, scarica il nuovo file che rende arduino una periferica di gioco,
2-fai le prove al computer, magari non va qualcosa,
3-rimetti in reset il 16U2, riscarica il bootloader originale per tornare ad utilizzare arduino regolarmente,
4-rifai le modifiche allo sketch,
5-scarica il nuovo sketch in arduino,
6-riparti dal punto 1. E questo, per ogni modifica da apportare allo sketch!!
Insomma, una vera palla (passatemi il termine) , io, personalmente opterei per un secondo arduino o meglio un Leonardo come ben indicato da Guglielmo e Uwefed. Poi se credi di poterlo fare in poche modifiche allo sketch e risparmiarti il secondo arduino, beh questo è un'altro discorso.