@Mike:
dai, non stuzzicarmi sull'SO, sennò ritiro fuori la questione della V-USB ]
Cmq chiedevo perché a me capita ad esempio che se sbaglio a scegliere il tipo di board e programmo un micro differente, se insisto un paio di volte cliccando su "Upload", avrdude si pianta tenendomi occupata la porta seriale e chiudere l'IDE non basta. Devo uccidere manualmente il processo relativo. Questo perché ogni chiamata ad un programma viene aperta come processo separato quindi capita alle volte che un'istanza di avrdude resti attiva, sopravvivendo anche alla chiusura del programma che l'ha lanciata, bloccando la porta.
Non so se è un comportamento solo di Linux oppure questo difetto con avrdude ce l'ha anche Windows. Sarebbe curioso vedere nell'elenco dei processi di Windows se c'è un'istanza di avrdude che blocca tutto quando non si riesce a dialogare con l'Arduino.