Du kannst nicht die Dateien direkt übertragen, wie du in Windows eine Datei kopierst.
Du musst auf dem Arduino eine Datei öffnen. Dann liest du sie aus und überträgst die einzelnen Bytes. Auf dem PC wird dann eine neue Datei angelegt (oder eine alte überschrieben, das ist in etwa das gleiche je nach verwendeten Optionen) und die eingelesenen Daten in die Datei geschrieben.
Da Serial recht langsam ist, dauert das entsprechend.