Boas @bubulindo
infelizmente não resultou, como podes ver .... Eu só não entendo como é que estas falhas de leitura acontencem no sistema operativo e no outro não, quer dizer são maquinas distintas !!! ainda vou ter de arranjar uma 3º maquina para testar 
Há uns dias disseste que o hardware que estavas a usar não era o mesmo... Que faltavam resistências.
Já resolveste isso?
Já que a máquina não é a mesma... fico a pensar se a fonte de alimentação estará boa...
qual é o valor da resistencia de pullup dos DS18B20? Qual a distancia que está cada sensor, o ambinete é industrial/com motores/solda? Use um reistor de 1K e veja se resolve
Obrigado a todos os que tem tentado dar o seu melhor, mas já cheguei a uma conclusão:
então é assim, testei noutra maquina com linux (ubunto 12.04) e corre tudo normal, se for xp 5*, agora quando ligo o arduino ao Centos 5, aí começa a minha dor de cabeça... vou verificar os parâmetros das portas e comparar para ver se descubro as causas !!
Não podes fazer dual boot na máquina que não funciona?
Não podes usar outra porta USB?
Isso está a cheirar-me mais a problemas de alimentação do computador do que propriamente do sistema operativo. Repara que o sistema operativo apenas interfere na comunicação.... e essa está a correr às mil maravilhas. O problema está mesmo no facto que o Arduino tem problemas a ler as temperaturas. E nesse campo a interferência do computador é mesmo através da alimentação.
Para fechar este tópico, venho informar que o problema era do pc !!!
Algo que nós dissemos logo no início... Ainda bem que resolveste o problema.