Das Problem ist nicht ein Kurzschluß sondern der 10kOhm Pullupwiderstand R7. Der vermag den RX Eingeng niemals gengen den Willen des 16U2 auf H zu ziehen wenn deser L ist.
Du mußt die Verbindung RX Atmega328 zu TX ATmega16u2 unterbrechen um diese Schaltung zu verwenden oder Du benutzt einen MAX232 ohne Widerstände an RX und TX des ATmega328.
Viele Grüße Uwe