Ich setze zusätzlich auch gerne ein Flag, das mir ein neues Interupt in der Loop signalisiert und erst dann zurückgesetzt wird, wenn alle Operationen durchgeführt worden sind.
Nimmst Du statt einens boolean Flags einen int Counter, der in der ISR incrementiert wird, kannst Du sogar einen Interupt-Overrun erkennen.
LG Lena