Quando lanci l'IDE puoi avere UNA sola board selezionata ed UNA sola porta selezionata, quindi ... indipendentemente da quanti programmi poi apri (e quindi quante finestre hai) le impostazioni sono UGUALI per tutto l'ambiente.
Se hai bisogno di avere più IDE con impostazioni diverse ... devi fare una installazione "sandboxed" ovvero usare la versione "portable" dell'IDE in cui, ogni installazione, è chiusa su se stessa ed indipendente dalle altre.
Per creare un'installazione "portable" devi:
- scaricare la versione .zip e NON l'installer dell'IDE.
- scompattare lo zip in una cartella dove hai diritti di lettura/scrittura
- nella cartella di Arduino creare una cartella chiamata "portable"
- lanciare l'IDE che NON vedrà nulla di quanto hai precedentemente installato nell'altra installazione.
In questo modo, se cambi nome alla cartella Arduino (es. arduino_1, arduino_2, ...) puoi avere N installazioni che sono TOTALMENTE indipendenti l'una dall'altra e, per ciascuna, puoi fare le SUE impostazioni.
Guglielmo