En général la fréquence PWM des ventilos de PC est aux alentours de 25KHz.
Parmi ceux que j'ai testé seuls les ventilateurs 4 fils ne sifflent pas avec un PWM à 500Hz.
Les ventilateurs 4 fils comportent une électronique et la broche de commande se pilote sans problème avec une sortie de µcontrôleur. L'électronique se charge de piloter le moteur. Même avec un rapport PWM de 0% le ventilateur tourne, à sa vitesse minimale.
Les autres ventilateurs 2 et 3 fils peuvent être pilotés en PWM, à condition d'ajouter un transistor pour fournir la puissance. A 500Hz de PWM ils sifflent presque à coup sûr.
L'ATMEGA n'offre pas une suite de diviseurs très riche : 1, 8, 64, etc. On ne pourra pas obtenir un PWM à 25KHz, mais j'ai fait des essais à 31KHz et le ventilateur fonctionne parfaitement.