Ce n'est que mon avis de non spécialiste des moteurs, mais en électronicien analogicien je dirai que le bobinage d'un moteur est une très grosse inductance et que cette très grosse inductance coupe naturellement les fréquences élevées. À mon avis le moteur ne les voit pas, au du moins avec le sifflement, il ne les voit pas beaucoup.
Il y a un risque à monter trop haut en fréquence, mais je le pense uniquement théorique.
Le bobinage est fait d'un grand nombre de couches constituées chacune de spires jointives. Avec des fils côte à cote uniquement isolés avec un vernis en couche fine, il va se former de la capacité parasite qui se retrouve en parallèle sur l'inductance.
Quand la fréquence augmente l'impédance de l'inductance du bobinage augmente, cela va dans le bon sens, mais la capacité se transforme de plus en plus en court-circuit et cela ne va pas dans le bon sens.
Dans le cas d'un ventilateur, c'est plus un cas d'école qu'un risque.
Mais perso je reste prudent et j'applique la méthode des petits pas et il y a longtemps que j'ai compris que qui peut le plus ne peut pas forcément le moins.
C'est sûr que l'augmentation de la fréquence de récurrence de la PWM est le plus simple puisqu'il n'y a rien à ajouter.
Il faut juste ne pas toucher au timer 0 si tu veux continuer à utiliser les fonctions de temps arduino et prendre le timer 2 qui est aussi 8 bits.
Le timer 1 est un 16 bits avec des formes de PWM supplémentaires, mais qui ont une fréquence max inférieure à celle des timers 8 bits.
Tout est indiqué dans la datasheet.
Avec un 328p pour faire de la PWM sur le timer 2 il faut choisir les sorties.
OC2A (PB3 ou D11) -->aussi utilisé en mode ISP et en mode SPI : MOSI
OC2B (PD3 ou D3 ) -->aussi utilisé pour l'interruption Int1
Je procèderais par pas et si entre la fréquence actuelle et la fréquence max qui est Fhorloge/256 = 62,5 kHz, si cela ne convient pas je passerai au filtre RC avec une faible valeur de résistance.