Paolo, tu continui a parlare di un problema quando io ho iniziato a discutere di un altro 
Io stavo parlando di istruzioni cli() e sei() usate in un programma, tu invece continui a fare l'esempio di una ISR
Nella ISR ci pensa il codice a salvare lo stato del registro ed a ripristinarlo in uscita. Cli() e sei() sono invece usate per rendere un blocco di codice temporaneamente atomico, e non mi interessa dello stato di quei flag perché non sto andando ad eseguire un task in un ambiente multitasking, sto solo armeggiando con qualcosa che non deve essere interrotta da un interrupt per qualche microsecondo (es. configurare un timer).
EDIT:
si fa solo per parlare, non voglio che tu pensi che sto criticando tutto quel che dici, mi piace solo scambiare opinioni per capire i pro ed i contro.