per la SD si può usare una mini-partizione RAW, e usarla stile eeprom (credo)
il vataggio di usare l'ISP dalla SD è che c'è meno codice da mantenere, visto che la parte ISP da SD è fatta da qualcun'altro, a lui toccherebbe mantenere solo la sua parte di codice.
La failure di rete è grave, ma se il micro è nel boot-loader è in una situazione molto delicata, sopratturro se hai già caricato mezzo codice e ti cade la rete... altrimenti dovresti comunque bufferizzare da qualche parte lo sketch, e torniamo alla SD
mentre invece se la ricezione e la copia in SD viene fatta con una libreria, e solo dopo che il tutto è ok avviene il lancio del secondo micro che manda in programmazione l'atmega...