leo il TCP fà già il controllo sulla correttezza dei dati, e su più livelli ISO/OSI, quindi nessun problema (si occupa della autoritrassmissione e boiate del genere)
a questo punto registri su SD, e direi che quì di perdite non ce ne dovrebbero essere, comunque si più leggere il dato salvato e confrontarlo con quello ancora in memoria, se si è paranoici.
e anche il programma che autoprogramma arduino fa il controllo che il programma sia stato uppato con successo e correttamente, rileggendolo e confrontandolo.
poi ovvio, che metti l'atmega sullo zoccolo al contrario che niente funziona 
secondo me è un ottimo sistema per chi lavora in remoto su uno o più appartati
edit: di certo non è una cosa semplice da fare mettere mano al codice ISP, soprattuto per usare la flash esterna al posto della ram o quello che usa ora)